Die Bildung von Perlen setzt ein, wenn der Mantel einer Muschel verletzt wird und in das Bindegewebe des Mantels Epithelzellen eingelagert werden. Epithelzellen befinden sich am äusseren Rand des Mantelgewebes. Zu Perlenbildung führen aber nur die Epithelzellen des Mantelgewebes, welches zur Schale der Muschel gerichtet ist.
Die Epithelzellen teilen sich und schliessen die Verletzung in der äusseren Sicht des Mantelgewebes. Die eingelagerten Epithelzellen teilen sich ebenfalls und bilden einen Sack. Wenn zusätzlich ein Fremdkörper vorhanden ist, wird der Sack um den Fremdkörper herum gebildet. Im Sack werden dann die perlenbildenden Substanzen ausgeschieden. Das ist der Beginn der Entstehung von Perlen.
Aufbau von Perlen: Zum Beginn wird ein Gerüst aus Conchyn gebildet. Conchyn ist ein komplexes Protein und Hauptbestandteil der organischen Substanz einer Perle. Das Gerüst aus Conchyn hat eine polygone Form überwiegend sogar sechseckig, ähnlich den Bienenwaben. In diesem Gerüst werden dann Aragonitblättchen (kristallisiertes Calciumcarbonat CaCO3) gebildet. Es werden mehrere Schichten konzentrisch übereinander zur Perlmuttschicht aufgebaut.
Die Dicke der Perlmuttschicht ist entscheidend für Glanz und Lebensdauer der Perlen.
Unterhalb der Perlmuttschicht kann eine Schicht aus Calcit entstanden sein, die Prismenschicht. Calcit ist Calciumcarbonat welches in Stäbchenform kristallisiert. Diese Schicht kann unterschiedlich dick sein.
Zwischen den Schichten der Perlmuttschicht, der Prismenschicht und im Perleninneren befindet sich Periostracum. Die organische Substanz der Perle deren Hauptbestandteil das Conchyn ist.
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